坏死性肠炎病原为产气荚膜梭菌，为革兰氏阳性厌氧菌。产气荚膜梭菌为条件性致病菌，正常情况下，鸡只盲肠常在菌，数量较少，小肠有氧环境下不适合梭菌生存。当应激或其他疾病时，产气荚膜梭菌会快速增值，通过肠道逆蠕动进入小肠，并分泌毒素蛋白，这些毒素蛋白在胰蛋白酶催化作用下，形成毒素，造成小肠纤维素渗出性肠炎，破坏小肠粘膜上皮细胞，影响养分吸收，最终导致毒素进入血液，形成毒血症，致使肉鸡死亡。

产气荚膜梭菌被证明是坏死性肠炎的病原，通常坏死性肠炎的爆发需要其他的致病因素共同作用。肠道的组织损伤是引发产气荚膜梭菌感染的有利条件，而肠道寄生虫特别是球虫，对肠道上皮组织的破坏严重，往往引起产气荚膜梭菌的继发感染，造成梭菌-球虫循环恶化的级联反应不断加剧对肠道上皮组织的破坏。球虫感染的鸡群，产气荚膜梭菌在3天之内就会对肠道造成损伤。与单独感染产气荚膜梭菌的鸡群相比，这些鸡群表现出更严重的损伤和较高的死亡率。霉菌毒素也是引发坏死性肠炎的一个常见诱因，一项关于产气荚膜梭菌感染的实验研究显示，在3,000-4,000ppb（低于欧盟最高指导水平5,000ppb）呕吐毒素污染饲料情况下，呕吐毒素使坏死性肠炎的发病率从20%上升至47%。呕吐毒素能显著降低十二指肠段上皮电阻值和降低十二指肠绒毛高度，造成肠道屏障破坏和肠上皮损伤，导致肠道上皮通透性的增加和饲料中蛋白的吸收减少，从而刺激产气荚膜梭菌的增殖，促使坏死性肠炎的发生。

沙门氏菌是世界范围内引起细菌性食物中毒的主要病原菌，其中肠炎沙门氏菌、鸡白痢沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌是最重要的三个血清型。研究发现鼠伤寒沙门氏菌能利用肠道炎症与肠道微生物区系竞争，克服定殖抵抗而获得生长优势。同时沙门氏菌比共生菌更能抵抗宿主分泌的抗菌物质，从而在与共生菌的竞争中获得竞争优势。

鸡肠炎沙门氏菌一般感染20日龄以内的雏鸡，主要引起肉鸡肠炎；鸡白痢沙门氏菌主要侵害雏鸡，呈急性败血性死亡，也是目前父母代鸡群净化的主要病原。据王娟等人2010年报道，屠宰的家禽中，鸡携带沙门氏菌的阳性率高达30-50%。虽然很多育种和制种公司对父母代鸡群进行“两白一支”净化，但是由于2019年肉鸡行情的持续历史高位，某些专家担忧在肉鸡养殖高利润的驱使下，沙门氏菌感染和流行被无限的放大，同时在养殖终端沙门氏菌的发病率大幅度提升得到充分的认证。沙门氏菌的防控及净化工作任重而道远。

大肠杆菌是肉鸡肠道中的常在菌，可分为致病性和非致病性两大类；但其中约10-15%的大肠杆菌是潜在的致病血清型。大肠杆菌病是一种条件性疾病，卫生条件差、不良的饲养管理、应激或并发其它病原感染是此病的诱因。

大肠杆菌的致病机理是其感染机体后，首先通过菌毛粘附在肠黏膜或呼吸道黏膜上皮细胞上，大量繁殖并释放各种毒素，毒素再与宿主细胞发生相互作用，造成各种组织损伤和功能失调，最终造成实质器官的各种炎症，甚至造成全身性病症。研究表明：大肠杆菌内毒素损伤动物的免疫机制及内脏器官，尤其是对肝脏产生的损伤作用。同时免疫力低下易导致大肠杆菌的感染，以病毒病为主的免疫抑制病干扰动物免疫应答，除了引起本身固有疾病外，易引起鸡群大肠细菌等致病菌继发感染。

雏鸡最易感染大肠杆菌病。大肠杆菌侵害鸡体的部位不同导致的临床症状也有很大差异。大肠杆菌侵袭消化道会引起肉鸡细菌性肠炎，病鸡精神萎靡不振，会出现腹泻，排黄白色、黄绿色稀薄粪便，肛门附近羽毛污染严重等现象，个别鸡只出现瘫痪症状，从而影响肉鸡肠道健康，导致肉鸡生产性能下降。

弯曲杆菌对人类产生威胁而备受关注；Humphery强调虽然空肠弯曲杆菌普遍被认为是一种存活于肠道内的共生菌，但通过30多年来的有力证据可表明空肠弯曲杆菌对肉鸡的肠道健康也会产生危害。Humphery给肉鸡攻毒空肠弯曲杆菌的研究数据表明，在受感染的肉鸡中，有90%出现了腹泻，此外死亡率达到40%，试验组的肉鸡最终体重比对照组的大约要低30%。流行病学调查显示，鸡具有很高的带菌率，不同地区带菌率存在明显差异。南方地区部分省市对家禽养殖场的空肠弯曲杆菌流行调查显示，空肠弯曲杆菌在鸡群中的分离率达到12.94%。孙佳霞等研究调查哈尔滨市周边肉鸡场空肠弯曲杆菌感染状况，发现鸡场平均感染率为35.67%。

肠道菌群失调是由肠道细菌全面攻击诱发的一种炎症反应，而不是由单一细菌引发的。它是微生物菌群和黏膜之间复杂的相关作用，引发肠道炎症和导致肠道形态改变。为参与的细菌群进一步增殖创造有利环境。肠道菌群失调的特点是肠道出现炎症和小肠绒毛缩短，这会导致动物出现临床疾病症状和/或生产性能降低。临床上主要表现为泡沫便、橙色粪便和大滩盲肠粪便，饮水量增加，采食量正常或下降，腿病较为常见。

饲养管理对现代化、集约化、规模化肉鸡养殖企业至关重要。养殖本身就是非常细致的工作。营养上，首先要把控原料关，严控饲料原料的霉菌毒素超标情况，尤其是玉米；其次按照肉鸡不同生长阶段对营养的需求，合理配制饲料，注意饲料颗粒的硬度、粒度及粉料比例。管理上，要注重鸡舍内环境的控制，温度、湿度、通风“三位一体”统筹管理；高温高湿季节要注重肉鸡的体感温度，寒冷季节要注重鸡舍内空气质量，尤其氨气浓度和氧气含量。保持合理的养殖密度，要根据鸡群体重及鸡舍内环境进行扩群。饮用水也是肉鸡肠道细菌病感染非常重要的一环，最好采用深井水、净化水或离子交换水，定期采用有机酸对水线进行处理，防治细菌污染。研究证实早期饲喂，可通过促进肉鸡肠道上皮细胞和杯状细胞的发育，改善肠道的发育，同时早期饲喂对抗击环境性致病因子的干细胞的增殖起着重要作用，这在饲料禁抗后，特别重要。希腊研究人员发现限饲有效减缓肉鸡坏死性肠炎，产气荚膜梭菌攻毒后的试验鸡群经限饲可显著降低坏死性肠炎损害评分，显著降低小肠pH值、空肠消化物黏度以及盲肠产气荚膜梭菌数量。任何管理上的疏忽都会对肉鸡造成不可挽回的影响。

制定并坚持实施生物安全制度是防控传染病最有效的措施。消灭传染源，切断传播途径，保护易感动物是防控传染病的核心。采用全进全出的肉鸡饲养制度，净道污道要彻底分开；每栋鸡舍固定饲养人员，饲养人员严禁相互串舍；空舍期间要对整个鸡场进行全方位的清扫、冲洗和消毒，同时鸡舍还需要进行密闭后熏蒸；不要忽略生活区，如宿舍、食堂、办公室、卫生间等；养殖期间，所有进场人员及车辆要进行消毒，保持鸡舍内垫料干燥，坚持定期带鸡消毒和环境消毒。

肉鸡机体中将近70%的免疫细胞集中在肠道，且多数免疫细胞位于肠道相关淋巴组织中，肠道被称为机体最大的免疫器官。肠道免疫力与肠道健康密切相关，肠道许多细菌病属于条件性致病，当肠道免疫健全时，能够减少因应激因素引起的某些肠道细菌病。肠壁中自然杀伤细胞、粒细胞和巨噬细胞及其分泌的产物构成肠道细菌感染后立即起作用的第一道防线，从而限制病原菌的生长和传播，从而限制急性期反应；同时肠道的特异性免疫应答后期，巨噬细胞和粒细胞也起到效应细胞的作用，消灭病原体。

肠道中革兰氏阴性菌的脂多糖与肠道上皮细胞Toll样受体4（TLR4）相互作用，导致肠道黏膜屏障的破坏，致病菌易位，随后发生促炎反应，增加促炎细胞因子（IL-6、IL-8和TNF-ɑ）的产生，最终导致严重的炎症反应，引起细菌性肠炎。研究发现，如果通过提升肠道免疫力，抑制该信号传导途径，那么细菌性肠炎的危害就会被极大的降低。

免疫增强剂具有提高机体免疫系统功能，增强机体抗病力，减少疾病发生等特点，近几年引起养殖界的关注和重视，寡糖、真菌或植物多糖、中草药、微生态制剂、多肽类生理活性物质、及藻类β-葡聚糖等得到国内外专家学者深入的研究。其中β-葡聚糖是一种病原相关分子模式生理活性化合物，存在于潜在病原微生物细胞壁，当β-葡聚糖暴露于肠道时，动物会产生免疫应答。研究发现，β-葡聚糖到达肠道后，被肠道相关淋巴组织中的免疫细胞（如巨噬细胞/树突状细胞）表面的受体（Dectin-1、CR 3等）所识别后被吞噬，激活NF-κB信号通路，强化机体的非特异性免疫和特异性免疫应答。同时β-1,3-葡聚糖（艾乐迪™）比β-1,6-葡聚糖更能刺激机体免疫反应，该结果与葡聚糖的分子量和结构形式有一定的关系。

益生菌被广泛用于调节肠道菌群平衡。目前，可用于饲料工业的益生菌主要有芽孢杆菌类、乳酸菌类、酵母菌类以及有时候也会使用霉菌类等。益生菌可竞争附着肠道黏膜上，形成屏障，阻止致病菌的附着，来改善家禽肠道微生物菌群组成。益生菌产生酶，参与动物肠道对食糜的消化吸收；有些益生菌还能产生维生素，主要为B族维生素，为动物直接提供营养物质。益生菌细胞壁上的多糖物质能起到增强动物自己免疫力的效果。乳酸菌类益生菌能够分泌乳酸、乙酸和多种对动物生长促进作用的物。某些益生菌能够产生具有抗菌活性的分子，如细菌素、抗菌肽，可以靶向特定的病原体，抑制病原体的增殖或致病毒素的产生，甚至直接杀死病原体。研究表明，枯草芽孢杆菌PB6（克洛生®）可显著降低肠道产气荚膜梭菌数量，控制和预防肉鸡的坏死性肠炎；可显著减少肠道沙门氏菌和致病性大肠杆菌的数量，增加乳酸菌的数量，改善肠道绒毛形态，降低料肉比，改善肉鸡生产性能；同时建明CLS（客户实验室服务）研究发现枯草芽孢杆菌PB6对致病性大肠杆菌、空肠弯曲杆菌、金黄色葡萄球菌及李氏杆菌具有一定的抑制效果。枯草芽孢杆菌PB6还具有缓解肠道炎症的作用